Новый вариант коронавируса — исследователь геномики отвечает на ключевые вопросы

Считается, что новый вариант SARS-CoV-2, вируса, вызывающего COVID-19, способствует увеличению передачи болезни в некоторых частях Великобритании. Правительство ввело в некоторые регионы, включая Лондон, новые, более строгие ограничения по коронавирусу, известные как уровень 4. Люди в районах уровня 4 не смогут собираться на Рождество с кем-либо за пределами своей семьи, в то время как в остальной части страны могут только собираться на Рождество.

Новый вариант коронавируса - исследователь геномики отвечает на ключевые вопросы

Премьер-министр Борис Джонсон и его главные научные советники заявили, что новый вариант может увеличить передачу COVID-19 на целых 70% и увеличить число репродуктивных вирусов на 0,4.

В чем значение этого нового открытия? The Conversation задали Люси ван Дорп, исследователю микробной геномики и эксперту по эволюции патогенов, несколько ключевых вопросов о том, что мы знаем на данный момент.

Новый британский вариант, известный как VUI – 202012/01 или линия B.1.1.7, был впервые объявлен Мэттом Хэнкоком, министром здравоохранения 14 декабря. Впоследствии он был подтвержден Министерством здравоохранения Англии и британским консорциумом по секвенированию COVID-19. . При повторном просмотре баз данных на SARS-CoV-2 первый образец был взят в графстве Кент 20 сентября.

Вариант несет 14 определяющих мутаций, в том числе семь в шиповом белке, белке, который опосредует проникновение вируса в клетки человека. Это относительно большое количество изменений по сравнению со многими вариантами, которые мы имеем в обращении по всему миру.

На сегодняшний день генетические профили — или геномы — этого варианта в значительной степени секвенированы и распространены из Великобритании, но включают некоторые из них в Дании и два случая в Австралии. Также были сообщения о случае в Нидерландах. Все эти страны прилагают очень большие усилия по секвенированию генома, и вполне возможно, что эти наблюдения не отражают истинное распространение этого варианта вируса, который мог существовать незамеченным в другом месте. Мы узнаем больше по мере того, как будет генерироваться и распространяться больше геномов.

Благодаря усилиям по обмену данными, геномному надзору и результатам тестов на COVID-19 в Великобритании кажется, что этот вариант теперь начинает доминировать над существующими версиями вируса и что он может быть ответственным за растущую долю случаев в отдельных частях страны, особенно в регионах, где у нас также быстро растет число случаев заболевания.

В таких случаях всегда очень сложно отделить причину от следствия. Например, увеличение появления определенных мутаций может быть связано с увеличением частоты вирусных линий, несущих их, только потому, что они оказались теми, которые присутствуют в районе с высокой степенью передачи, например, из-за деятельности человека или выбора вмешательств.

Хотя это все еще возможно, на данный момент имеется достаточно очевидных относящихся к данному варианту наблюдений, чтобы гарантировать очень тщательную характеристику, наблюдение и меры по ограничению передачи.

Крис Уитти, главный врач, четко заявил, что на сегодняшний день нет доказательств того, что этот вариант влияет на тяжесть заболевания, будь то с точки зрения смертности или серьезности случаев COVID-19 для инфицированных. Работа над подтверждением этого ведется.

Мутации — естественная часть эволюции вируса. В случае SARS-CoV-2 эти мутации могут возникать из-за случайных ошибок во время репликации вируса, индуцироваться антивирусными белками у инфицированных людей или в результате генетической перетасовки, известной как рекомбинация. Хотя в настоящее время у SARS-CoV-2 признаков рекомбинации не обнаружено.

Ожидается, что большинство вирусных мутаций не окажут никакого воздействия. Например, когда наша команда оценивала отдельные замены мутаций в более чем 50 000 геномов, возникших в результате первой волны пандемии, мы не обнаружили ни одной, которая существенно изменила бы вирусную приспособленность — способность вируса выживать и воспроизводиться.

Однако время от времени мутация или в данном случае конкретная комбинация мутаций может оказаться удачливой и дать вирусу новые преимущества. Вирусы, несущие эти комбинации мутаций, могут затем увеличиваться по частоте в результате естественного отбора при правильной эпидемиологической среде.

Прямо сейчас мы не знаем. На сегодняшний день ученые не идентифицировали никаких близкородственных вирусов, подтверждающих теорию о том, что этот вариант был завезен из-за границы. Наблюдаемые паттерны мутаций более подтверждают длительный период адаптивной эволюции, скорее всего, в Великобритании, если судить по текущим данным.

Подобные паттерны мутаций наблюдались в развитии SARS-CoV-2 у хронически инфицированных пациентов с более слабой иммунной системой. Текущая гипотеза состоит в том, что такой сценарий хронической инфекции у одного пациента мог сыграть роль в возникновении этого варианта. Это будет расследоваться и дальше.

Существует много тысяч линий передачи SARS-CoV-2, которые в среднем различаются лишь небольшим числом определяющих мутаций. Остается верным, что SARS-CoV-2, в настоящее время циркулирующий в мире, имеет небольшое геномное разнообразие. Однако тонкости мутаций, передаваемых в разных линиях, могут быть весьма затруднительными.